正如方济各会起初比多明我会更具神秘色彩但不如多明我会那样富有学术气息，第一位伟大的方济各会哲学家比多明我会的阿尔伯图斯更关注奥古斯丁而不是一位亚里士多德主义者。菲登扎的约翰（John of Fidanza）1221年出生于意大利的维泰博（Viterbo）一个医生的家庭里。儿时，他患了一场病，恢复后他的父母把他的康复归于圣方济各的恩惠，所以给他更名为波纳文图拉，他于1240年参加了方济各会。 1243年，波纳文图拉来到巴黎，在黑尔兹的亚历山大（Alexander of Hales）指导下学习。黑尔兹的亚历山大是一位英格兰在俗教士，已经成为教授后加入了方济各会。他还是方济各会学院的第一位院长。黑尔兹的亚历山大是第一位把朗巴德的《句法学》作为标准的神学教科书介绍过来的人。在学生们的大力帮助下，他编纂了一部神学鸿篇巨制《黑尔兹大全》（Summa Halesiana），展示全部亚里士多德著述的知识。他1245年去世后，这部巨著常常被以后的方济各会会员用作教科书。 波纳文图拉1248年获得教师的许可证，并撰写了自己对《句法学》的评论。1253年，他成为巴黎方济各会学院院长，可是学校的麻烦事使他难于行使院长的职权。在任巴黎方济各会学院院长期间，他写了一部神学教科书，名为《神学概要》（Breviloquium）。四年后，他被任命为方济各会的教长，他所面临的是调解各个不同教派这一棘手的使命：自圣方济各去世后，各教派均声称自己是方济各会精神之真正的发扬光大者。他把方济各会再次团结在一起并重新组织了方济各会，他还写了两部《圣方济各传》，他把其中之一确定为唯一的法定传记，并下令销毁其他一切圣方济各的传记。当然，并非所有的方济各会成员都赞成他的变革：一位持不同意见者反对说道：“巴黎呀，你毁灭了阿西西”。然而，如果把波纳文图拉主要看做是一位学者和管理者，那将大错特错。他在作为教长处理诸种麻烦事物的时候，撰写了一篇虔诚的、充满神秘色彩的论著：《通向上帝的心灵之旅》（The Journey of the Mind to God）。正是这部书使他留名至今，该书对圣方济各在阿尔沃尼亚山（Monte Alvernia）上的所见进行了诠释。圣方济各曾在阿尔沃尼亚山上得到了圣伤痕（stigmata），即基督伤痕的印记。 波纳文图拉的管理才华广受赞誉，于是他于1265年被教皇选任为约克（York）的大主教。他恳请教皇收回任命，从而使他没有机会在这个教职上与坎特伯雷的圣安塞姆在哲学史上一争高下。然而，他却没能谢绝1273年阿尔巴诺（Albano）红衣主教的任命。这一年，他撰写了最后一部著作：《六日创世论稿》（Collationes in Hexameron），讨论《圣经》里对创世的描述。一年后，他在里昂公会宣讲完后去世，这次宣讲标志着东西基督教（短暂的）重新联合。 波纳文图拉在他的著作里把自己明显地表现为一个柏拉图主义者，这在拉丁语中世纪很不寻常。他相信，亚里士多德对柏拉图理念论的批判，很容易反驳。从弃绝理念说这一立足点的错误，导致了亚里士多德哲学的其他错误的命题，例如：不存在天道，世界是永恒的，只有一个唯一的智力（intellect），不存在个人的不死，所以也就没有天堂和地狱（CH，vision III 7）。然而，波纳文图拉并不相信理念存在于神的思想之外。他认为，理念是“永恒的理性”，是造物存在所模仿的原型。理念，而不是自然世界的有形物体，才是人类认知的基本对象。 在波纳文图拉的著作里，如在格罗斯泰斯特的著作里一样，光的观念起着重要的作用。有四种不同的光照亮心灵。其一，是存在于机械技能的 劣等的光：这只是隐喻意义上的“光”。其二，是感官感觉的光：在这个意义上我们超越了隐喻。每一个感官都是不同强度的光的接受体：视觉接受纯粹的光，听觉接受掺杂着空气的光，味觉接受掺杂着流体的光，等等。其三，是引导我们追寻思想的真理（intellectual truth）之光：这种光照亮哲学的三个领域：逻辑学、物理学和伦理学。其四，至高无上的光使心灵能够认知具有拯救能力的真理：这就是《圣经》之光。与奥古斯丁一样，波纳文图拉喜欢用数字的象征。他说道：倘若我们把哲学的每一个分支看做一种单独的光，那么这些光的数目加起来等于六，它正好符合创世的六天。“人的一生有六次光照，而且每一次都有其暮光，因为一切学问都将被毁灭；因此，就有了休息的第七天，这一天对于暮晚一无所知，那是天国的荣耀光照的一天”（PMA 461-467）。 只有当享受天国之福者在另一生与上帝面对面的时候，人类的心灵才能直接认识永恒的理性，即上帝思想中的理念。但是在此生，我们通过真理折射的光芒获得必然真理和永恒真理的知识，正如我们的眼睛凭借太阳的光看见一切而却不能直视太阳一样。我们的确通过感官和经验获得某类知识，但是创造出来的人类智力之光还不足以认识事物的确实性。要获得任何事物的真相，我们还需要神的特别的光照（II Sent 30 1；Sermo IV 10 V）。在同一个人，知识和信仰可以并行不悖。 波纳文图拉熟知亚里士多德的著作，然而，他研究亚里士多德主要是为了反驳他的谬误。他认为，接受世界是被创造的和世界源自无限这两种观点是可能的；进而他提出了一系列的论据 与菲洛普努斯和伊斯兰神学家所用的无甚两样 来证明世界在时间上是有开始的（II Sent 1 1 1 2 1-3）。波纳文图拉接受了亚里士多德关于能动力（agent）和接受智力（receptive intellect）之间的区别，但是他坚持认为这些都是一个人的能力。亚里士多德的阿拉伯评注者指派给独一无二的、独立的能动智力（agent intellect）的各项任务，在波纳文图拉的体系里是由上帝直接的光照完成的。既然每一个人都有与他人不同的智力，那么我们每一个人都是不死的，离开现世后要对我们在现世的行为负责。 波纳文图拉接受了亚里士多德哲学中的形式质料说（hylomorphism），以及人的灵魂是人的躯体的形式这一观点。他用这一观点作为论点反对阿拉伯人的一性论（monophychism）。他说道：“既然人的躯体彼此有别，那么渗透在躯体里的理性灵魂也会彼此有别”（Brev 2 9）。然而，与亚里士多德不同，而是像伊本·加比罗尔一样，波纳文图拉把形式质料说仅仅用于对灵魂的诠释。他说道：除了上帝之外，一切事物都是由物质和形式构成，甚至没有躯体的天使同样包含着“精神性物质”（spiritual matter）。由于波纳文图拉接受了灵魂包含着物质这一观点，所以他就能够把个人脱离了躯体的灵魂之复活与物质是个体化的原则这一普遍接受的命题调和起来。从而，他避免了认为脱离了躯体的灵魂就成了非物质的这些人 例如阿奎那 所面对的难题。另一方面，倘若要使“精神性物质”不成为一个显而易见的矛盾术语，那么它需要非常审慎的解释，这是不言而喻的。